Dne 28.2. 2015 byla ukončena realizace projektu „Inovace přírodovědných předmětů s důrazem na mezipředmětové vazby pro žáky Malostranského gymnázia“, reg. č. CZ.2.17/3.1.00/36366. Projekt byl podpořen z Operačního programu Praha Adaptabilita v rámci 6. výzvy prioritní osy Modernizace počátečního vzdělávání. Hlavními cíli projektu je jednak podpora rozvoje matematické, přírodovědné a čtenářské gramotnosti žáků prostřednictvím inovace přírodovědných předmětů s důrazem na mezipředmětové vazby a dále také zatraktivnění přírodovědných a technických oborů mezi žáky. Projekt byl zahájen 1.7. 2013 a trval 20 měsíců. Rozpočet projektu byl 2,4 mil. Kč.
V rámci projektu byly vytvořeny a vyrobeny inovované studijní materiály, které dostali žáci a učitelé k dispozici. Dále proběhly exkurze a odborné přednášky a žáci byli zapojeni do šestnácti mezioborových projektů. Výstupy projektu jsou k dispozici na webu školy (Projekt OPPA 2013)
Tento projekt je financován z prostředků Evropského sociálního fondu a rozpočtu hl. města Prahy v rámci Operačního programu Praha Adaptabilita. Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti